Prof. Dr. Candeğer Yılmaz, Türkiye´de ilk kez 2000 yılında 10 hafta süreli ve uygulamalı "Obezite Okulu" uygulaması başlatmış olup yine Türkiye´de ilk kez 2001 yılında "Sağlık Halk Kongresi" düzenlenmesini sağlamış; 2009 yılındaki sekizinci kongrenin başkanlığını yapmış ve bu kongrenin kitabının oluşmasında aktif olarak çalışmıştır.
Prof. Dr. Yılmaz; 2000 yılında Roche Tıp Ödülü ikinciliğini, 2002 yılında Antalya´da Endokrinoloji Kongresi´nde En İyi Sözel Sunum Ödülü’nü, Dahili Bilimler En İyi Araştırma Ödülü’nü ve Servier Proje Ödülü İkinciliğini, 2003 yılında Amerikan Endokrinoloji Topluluğu Genç Araştırıcı Ödülü’nü, Türk Diyabet Vakfı Proje Ödülü üçüncülüğünü, 2006 yılında Diyabet Vakfı En İyi Bilimsel yayın yarışması ikincilik ödülünü, 2008 yılında ise Türk Başarı Ödülleri Kurulu Benal Nevzat Arıman Başarı ve Onur Ödülü ile Ankara Tabip Odası Dr. Füsun Sayek Bilim ve Hizmet Ödülü´nü kazanmıştır.

İzmir Tabip Odası, Türkiye Endokrinoloji ve Metabolizma Derneği, Üreme Hastalıkları Derneği, Türkiye Diyabet Beslenme Derneği, Hipertansiyon Derneği, Ege Obez Hastalıkları Derneği, Ege Osteoporozlu Hasta Derneği, Ege Diyabetli Yaşamı Kolaylaştırma Derneği, Türkiye Obezite Araştırma Derneği üyesi olan Prof. Dr. Yılmaz; 24 Kasım 2009 tarihine kadar 39 kitap ve 59 tanesi SCI kapsamındaki dergilerde olmak üzere toplam 183 bilimsel makale yayımlamış, çeşitli bilimsel toplantılarda 110 tebliğ sunmuştur.

6 Ağustos 2008 – 12 Ağustos 2016 tarihinleri arasında Ege Üniversitesi’nin ilk bayan Rektörü olarak 2 dönem görev yapan Prof. Dr. Candeğer Yılmaz, 15 Ağustos 2016 tarihinde emekli olmuştur.