Prof. Dr. Erel, 02 Mart 1955 tarihinde Ege Üniversitesi (EÜ) Tıp Fakültesi Kurucu Dekanı olarak görevlendirilmiş, 30 Mayıs 1958 tarihinde ise EÜ Tıp Fakültesi Hijyen Enstitüsü Ordinaryüs Profesörlüğü’ne naklen atanmıştır. 11 Mart 1958 tarihinde Ege Üniversitesi’nin ilk Rektörü olarak seçilip göreve başlayan Ord. Prof. Dr. Muhiddin Erel´in bu görevi 10 Mart 1960 tarihinde sona ermiştir.

Ord. Prof. Dr. Erel,   28 Ekim 1960´da emekliye ayrılmış fakat 28 Nisan 1961´de tekrar göreve dönmüştür. 65 yaşını doldurmuş olması nedeniyle emekliye ayrılması gerekirken Senato kararları ile görev süresi dört kez uzatılan ve bu arada 11 Kasım 1968 – 28 Haziran 1971 tarihleri arasında izinli olarak Efes Eczacılık Yüksekokulu Müdürlüğü de yapan Ord. Prof. Dr. Erel, 43 yılı devlet hizmetinde olmak üzere toplam 48 yıl eğitim-öğretim, araştırma, yayın ve sağlık hizmeti vererek 07 Temmuz 1973 tarihinde E.Ü. Tıp Fakültesi Koruyucu Hekimlik ve Halk Sağlığı Kürsüsü Başkanı iken emekli olmuştur.

Ege Üniversitesi’nin ve özellikle Tıp ve Fen Fakültelerinin kuruluşunda Rektör ve öğretim üyesi olarak önemli hizmetler veren Ord. Prof. Dr. Erel, Türkiye´de ilk defa üniversite bünyesi içinde Hemşirelik Yüksekokulu´nu kurarak müdürlüğünü üstlenmiştir. Öte yandan fizik, kimya, astronomi ve matematik gibi temel fen dallarına karşı özel ilgisi bulunan Ord. Prof. Dr. Muhiddin Erel, Tıp Fakültesi bünyesinde kurduğu ve 1960 yılına kadar müdürlüğünü üstlendiği Fizik Enstitüsü´ne ince mekanik atölyesi de tesis etmiştir. Bu enstitü, bugünkü EÜ Fen Fakültesi Fizik Bölümü’nün çekirdeğini oluşturmuştur.

48 yıl sağlık, eğitim-öğretim, araştırma ve yönetim hizmeti veren Ord. Prof. Dr. Muhiddin Erel´in ders kitaplarından başka yeni metod ve icatları da içine alan Almanca, İngilizce bilim dergilerinde yayımlanan makaleleri yanında Türkiye Sağlık Teşkilatı hakkında önemli tavsiyeleri ve yol gösterici direktifleri ihtiva eden çeşitli raporları bulunmaktadır.

Ord. Prof. Dr. Muhiddin Erel, 18 Mart 1986 tarihinde vefat etmiştir.

Diğer Görevleri

İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde görevli iken Haydarpaşa Lisesi ve İstanbul Kız Lisesi Hıfzısıhha öğretmenliklerini 1934 yıllarında ek görevle sürdüren Ord. Prof. Dr. Muhiddin Erel sağlık şuralarının, sağlıkla ilgili bilimsel toplantıların önde gelen üyelerinden ve Dünya Sağlık Teşkilâtı Tıp Tahsil Eksperliği görevlisi idi.
Ord. Prof. Dr. Erel´in üstlenmiş olduğu yurtdışı görevler arasında şunları sıralayabiliriz; Kongre (Batı Almanya, 1959),  yurt dışındaki yüksek hemşire okullarının yapılarını inceleme ve yabancı öğretim üyesi temini için İngiltere (1959), Uluslararası Göğüs Hastalıkları Kongresi için Viyana (1959), araştırma-inceleme için Almanya ve Uluslararası Sağlık Kongresi için Roma (1963), Avrupa Profesörler ve Rektörler Birliği Toplantısı için Viyana (1965), koruyucu hekimlik alanında ve öğretim programlarını geliştirme amacıyla araştırma-inceleme yapmak üzere Avrupa ve A.B.D Üniversiteleri (1966).

Ord. Prof. Dr. Muhiddin Erel, 5 Kasım 1955 günü Ege Üniversitesi´nin Öğretime Açılış Töreni´nde konuşma yapıyor.