Dışarıdan girdiği Doçentlik sınavlarını kazanarak 23 Kasım 1963 tarihinde Üniversite Doçenti unvanını alan Doç. Dr. Hakkı Bilgehan, başvurduğu Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve İntan Hastalıkları Kürsüsü Doçentlik kadrosuna naklen atanmıştır (28 Ocak 1964). Doç. Dr. Bilgehan, 14 Ocak 1969 tarihinde Profesörlüğe yükseltilmiştir. İngiltere´de Porsmouth Saint Marys Hospital ve Glasgow University Rachill Hospital´de misafir öğretim üyesi olarak viroloji üzerinde çalışmalar ve araştırmalarda bulunmuştur (25 Aralık 1969 – 30 Ağustos 1970).

Prof. Dr. Hakkı Bilgehan, Tıp Fakültesi Yönetim Kurulu üyeliği (02 Kasım 1966 – 02 Kasım 1968), Mikrobiyoloji ve İntan Hastalıkları Kürsüsü Başkanlığı (01 Haziran 1973 – 27 Şubat 1979), Klinik Mikrobiyoloji ve Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Başkanlığı (1989-1992) ve Temel Tıp Bilimleri Bölüm Başkanlığı (24 Temmuz 1990 – 01 Temmuz 1993) görevlerinde bulunmuş, kurucularından biri olduğu ve ek görevle atandığı Eczacılık Fakültesi´nde  öğretim üyeliği ve Yönetim Kurulu Üyeliği yapmıştır.07 Kasım 1974 – 06 Haziran 1977 tarihleri arasında Üniversite Senatosu ve aynı zamanda Üniversitelerarası Kurul üyeliklerinde bulunmuştur.

Prof. Dr. Bilgehan, 08 Temmuz 1972 tarihinde seçildiği EÜ Tıp Fakültesi Dekanlığı’nda 07 Kasım 1974 tarihine kadar ve 06 Haziran 1977 tarihinde Ege Üniversitesi’nin 7. Rektörü olarak seçildiği görevde 02 Ekim 1980 tarihine kadar hizmet vermiştir. Bu görevleri esnasında üniversitemizin ilk anaokulu olan Tıp Fakültesi Anaokulu (1973) ile Ege Üniversitesi Anaokulu ve Kreşi’nin kurulmasına öncülük etmiştir.

Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti, Ankara Mikrobiyoloji Derneği ve Türkiye Parazitoloji Derneği üyesi olan  Prof. Dr. Bilgehan, bilimsel alanı ile ilgili olarak 6 kitap, 5 kitap bölümü ve bazılarının editörlüğünü yapmıştır. Ayrıca çok sayıda bilimsel makale ve tebliği bulunan, İngilizce, Almanca ve Yunanca bilen Prof. Dr. Hakkı Bilgehan, 01 Temmuz 1993 tarihinde yaş haddinden emekli olmuştur.

Prof. Dr. Hakkı Bilgehan, 2003-2005 yılları arasında dönemin Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Sayın Ülkü Bayındır´ın ricası ve görevlendirmesi ile "Kuruluşundan Günümüze Ege Üniversitesi" adlı kitabın yazarları arasında yer almıştır.